Todo parece indicar que los errores de Cydia son debido a un problema relacionado con los permisos de archivos del repositorio de BigBoss, aqui tenes tres soluciones que te podrían funcionar.

Primera Opcion:

Quitar el Repositorio de BigBoss

1. Conectarte por medio de SHH a tu iPhone o iPod Touch.
2. Entra en ésta ruta: “/etc/apt/sources.list.d/” y elimina el archivo “.list” de BigBoss.
3. Ejecutar respring

Re-Añadir el repositorio de BigBoss:

1. Abre Cydia
2. Entra en Search
3. Escribe BigBoss e instala el paquete

Segunda Opcion:

Solo usuarios de windows:

Descarga ClearCydiaListCache:

* http://rapidshare.com/files/258076875/ClearCydiaListCache.zip.html (requieres tener instalado .NET).

1. Descomprime el archivo .zip y mueve el archivo a tu escritorio.
2. Haz doble click en el ejecutable (. exe) y luego en start.
3. En la pantalla de confirmación debes de dar OK.

Tercera Opcion:

1. Entrar por SSH en la siguiente ruta: “/private/var/lib/apt/lists”
2. Encontrarás varios archivos y carpetas
3. Elimina todo menos la carpeta “parcial”
4. Abrir Cydia

Nota: Este problema se produjo debido a que BigBoss subio un archivo corrupto y algunos dispositivos alcanzaron a descargarlo, por lo que no todos los dispositivos se vieron afectado.

Fuente: iphoneate